ინსტიტუტის სამეცნიერო საქმიანობა წარიმართება ორი ძირითადი სამეცნიერო მიმართულების შესაბამისად:

1. ფუნდამენტური (თეორიული) სამეცნიერო-კვლევითი მიმართულება

* საბაზრო ეკონომიკის ფუნქციონირების სრულყოფის თეორიულ-მეთოდოლოგიური პრობლემები

* მსოფლიო ეკონომიკის გლობალიზაციის ტენდეციები

* მსოფლიო ეკონომიკური კრიზისის მიზეზები

* ეკონომიკური განვითარების თავისებურებები პოსკომუნისტური სივრცის ქვეყნებში

* საქართველოს ეკონომიკის ფუნქციონირებისა და ევოლუციის თეორიული პრობლემები

2. გამოყენებითი სამეცნიერო-კვლევითი მიმართულება

* საქართველოში საბაზრო ინფრასტრუქტურის განვითარების დონე და პესპექტივები

* უმუშევრობისა და სიღარიბის დონის შემცირების ძირითადი მიმართულებები საქართველოში

* ინოვაციური ეკონომიკის განვითარებისა და კონკურენტუნარიანობის ამაღლების თავისებურებები საქართველოში

* საქართველოს მდგრადი ეკონომიკური განვითარების ძირითადი მიმართულებები

* ბიზნესის განვითარების სტრატეგია საქართველოში

* საჯარო ეკონომიკის განვითარების თანამედროვე მდგომარეობა და პესპექტივები საქართველოში

* სექტორული და რეგიონული ეკონომიკის პრობლემები საქართველოში

* დიდი ქართული ეკონომიკური ენციკლოპედიის მომზადება